1956年2月，由“江南”和“蜜蜂”两个民间职业越剧团合并组成。
同年10月，经杭州市政府批准为国营剧团。分一队和青年演出队。佘惠民为团长，俞玉萍、张琴娟为副团长，徐志昌为政治协理员。
1958年4月，该团带《关不住的姑娘》、《一日千里》等剧和部分小演唱节目赴京，在天安门广场和前门车站广场作宣传演出，轰动了首都，并受到周恩来总理的接见。《人民日报》于4月26日发表了题为《要创作更多的短小文艺作品》的社论;文化部颁发了《关于专业艺术团体应该在城市街头进行演出的通知》。
1959年，分一团和二团。
1960年，二团并入杭州实验剧团，不久，实验剧团取消，又恢复原称。
1961年，一、二团合并，仍称杭州越剧团。王桂君任支部书记兼团长，徐志昌、张琴娟、俞玉萍为副团长。不久团办小科班与杭州艺训班学员毕业，充实了一批年轻男女演员，以女子越剧为主，开始男女合演。
1968年“文化大革命”时解散。
1978年，由徐志昌、张琴娟、高爱娟负责重建。
1979年9月，分男女合演队和女子越剧队。主要女演员先后有：张琴娟、俞玉萍、安素芳、罗恒芳、徐民枫、汪如亚、王颐玲、邢素芳、高爱娟、赵碧云、朱心敏、陈秋月、赵金麟、陶瑞娟等;男演员有宋顺发、陆旭、陈少华、展敏等。编导有汤学楚、陆高平、傅昊平、李光耀、王一志、陈年余、罗建中等;作曲有田晓东、汪汝涛、卢怀蟾、马浩芳、章瑞棠等;舞美设计有陈天问、俞德明等。该团十分重视剧目建设，早在成立之初，即召集前辈艺人陶素莲、相朝林等吐戏，记录成册，保留至今;并移植改编了《碧玉簪》、《春留人间》、《玉蜻蜒》、《泪洒相思地》、《二度梅》、《连升三级》、《沈清传》、《江姐》、《红茶花》等。
1978年以后，演出了《蕉帕记》、《苏小小》、《花魁女》、《兰亭会》、《于无声处》等一批新编、改编剧目。在上海、江苏、山东、江西、福建、安徽等地演出均深受欢迎。其中《玉蜻蜒》演出达500余场，《苏小小》由上海唱片公司灌制成唱片。《沈清传》誉满杭州、上海各大城市并灌制成唱片。
1985年底，建立杭州越剧院，称杭州越剧院一团。后亦称杭州小百花越剧团。高爱娟、丁家清、侯军先后任主要领导。导演有许朝榜、陈慧琪、展敏，作曲章志良，舞美设计戴晓云、许希稷。主要演员有梅花奖获得者谢群英和陈雪萍、周伟君、陈晓红、韩梅春、林碧峰、遽敏、周妤俊、石慧兰、荆芳等。
1987、1989年两次赴日本访问演出。
20世纪90年代两次赴香港、一次赴加拿大演出。1995年在省艺校定向培训的20人毕业入团，开始分两个队演出。
1994年在中国小百花越剧节中参演《碧玉簪·归宁》、《情勾》等片断，谢群英、荆芳、林碧峰等演员分获金奖、铜奖。获省、市奖的剧目有《胭脂河》、《冬天的故事》(据莎士比亚名剧改编)、《圣塘桥》、《梁祝情梦》等，其中《梨花情》获浙江省“五个一工程”奖、中国戏剧节十一项大奖、文化部文华新剧目奖、浙江省第七届戏剧节优秀新剧目奖等多项奖。由中央电视台拍摄成越剧电视连续剧获“牡丹奖”、“飞天奖”。
2000年童话音乐剧《寒号鸟》参加全国儿童剧会演，于2001年获中宣部“五个一工程”奖。
